Jauhovaaran luonnolla on kaksi ilmettä. Toisaalta alue edustaa Kuhmossa harvinaista rehevänpuoleista vaaramaisemaa, joka sijaitsee Pohjois-Karjalan vaara-alueen ja matalamman kuhmolaisen seudun saumassa. Toisaalta omaleimaista ilmettä tuo metsänvartijatilan pihapiiri sekä pihapiirin lähellä olevat ulkomaisten puulajien pienet metsiköt.
Luontonsa puolesta Jauhovaara ja sen ympäristö ovat vaihtelevaa ja paikoitellen erikoisen rehevääkin. Alueen pinta-ala on noin 220 hehtaaria, josta vesialaa on vain 7,3 hehtaaria. Korkeimmillaan vaara on 253 metriä merenpinnan yläpuolella.
Jauhovaaran alue on valtaosaltaan metsää. Puusto on kookasta ja monilajista. Soita on vähän ja ne ovat pieniä ja karunpuoleisia. Vaaran laella on 3,4 hehtaaria peltoa ja vanhan metsänvartijatilan pihapiiri, jossa on puulajipuisto eli arboretum.
Alueen kasvillisuus on monipuolinen, sillä siellä on sekä luonnontilaista että kulttuurivaikutteista kasvillisuutta. Eläimistö on myös selvästi runsaampi kuin lähiympäristön metsissä. Alueella on myös tavattu Siperian taigan lintuharvinaisuus, sinipyrstö.
