Kanavuori muodostaa yhdessä sen pohjoispuolella sijaitsevan Koskenvuoren kanssa yhtenäisen 162 hehtaarin laajuisen Natura 2000 -alueen. Enimmillään Kanavuori kohoaa lähes 200 metriä merenpinnan tasosta ja yli sata metriä ympäröivien vesistöjen pinnan tasosta tarjoten kulkijalle koettavaksi hienoja maisemia ja vaihtelevaa luontoa.
Kanavuoren polulla pääsee ihailemaan jyrkkiä kallioseinämiä ja komeita kivenlohkareita. Maasto on monin paikoin paljasta kalliopintaa tai ohuen irtomaakerroksen peittämää kalliota. Kanavuoren kallioperä on pääasiassa karua graniittia, mutta paikoin esiintyy myös ravinteikasta dioriittia.
Saarena muinaisessa Yoldiameressä
Viimeisen jääkauden loppuvaiheessa 12 000 vuotta sitten koko Suomi oli vielä jään peitossa. Kanavuorenkin kohdalla ainakin kilometrin paksuinen jää liikkui hitaasti kaakosta luoteeseen. Jään pohjaan takertui kiviä, mikä kasvatti kulutusvoimaa moninkertaiseksi. Jään tulosuunnan puolelta Kanavuoren kallio on hioutunut sileäksi, kun taas kallion toinen sivu on rosoisempi ja jyrkempi. Kallion pinnassa näkyy kulkusuunnan mukaisia uurteita, jotka ovat nyttemmin kalliosammalten peittämiä. Jääkauden jälkeen Jyväskylän seutu oli suureksi osaksi sulamisvesien peitossa, mutta Kanavuoren huipulle asti sulamisvedet eivät yltäneet. Näin ollen Kanavuoren huippu kohosi saarena ympäröivän Yoldiameren yläpuolella.
Monenlaista kasvillisuutta
Suuret korkeuserot aiheuttavat alueen kasvillisuuteen runsasta vaihtelua. Esimerkiksi polun eteläisessä alkupäässä, Kanavuoren länsirinteen juurella, kasvaa vaateliasta lehtokasvillisuutta. Sadevesi rapauttaa kallion pintaa vapauttaen siitä ravinteita lehdon maaperään. Ravinteiden saannin ohella lehdon rehevyys johtuu myös suotuisasta pienilmastosta: Kanavuoren rinne suojaa idän suunnasta puhaltavilta tuulilta ja toisaalta kallio varastoi auringon lämpöä.
Puusto on tällä alueella lehtipuuvaltaista: koivun, harmaalepän, haavan ja raidan ohella kasvaa jaloihin lehtipuihin kuuluvaa metsälehmusta. Pensasmaisista puuvartisista kasveista tavataan lehtokuusamaa ja näsiää. Muita tunnusomaisia lajeja ovat kielo, kalliokielo, ahomansikka, kevätlinnunherne, ojakellukka ja metsäkurjenpolvi.
Suurin osa Kanavuoren alueesta on mäntyvaltaista, kuivaa ja kallioista metsätyyppiä. Kasvillisuuden valtalajeina täällä tavataan mustikkaa, puolukkaa, heinäkasveja ja metsien yleisimpiä sammalia: seinä- ja kerrossammalta. Katajaa kasvaa alueella monin paikoin silmiinpistävän runsaasti. Männiköiden ohella alueella on paikoin myös nuorempaa koivuvaltaista metsää.
Kallio- ja louhikkokasveista Kanavuorella kasvaa muun muassa kissankäpälää, mäkitervakkoa, kalliokohokkia, lehtopalsamia, taikinamarjaa, kirkiruohoa, mäkikuismaa ja kesämaksaruohoa. Kallioseinämät tarjoavat kasvupaikan myös monille jäkälä- ja sammallajeille, kuten kalliokeuhkojäkälälle, säiläsammalelle ja lähinnä vain kalkkikallioilla tavattavalle suippuväkäsammalelle.
Kanavuoren eläimistö
Kanavuorella tavataan lähinnä yleisiä metsien nisäkkäitä ja lintuja. Aluetta ympäröivät vesialueet sekä suuret tiet, mikä voi jyrkkien rinteiden ohella rajoittaa joidenkin eläinten leviämistä alueelle. Kanavuorella asustelee useita pöllölajeja: huuhkaja, viirupöllö, helmipöllö ja varpuspöllö. Alueen hyönteislajistoon kuuluvat muun muassa keisarikavaltajapistiäinen, pulskahelysieniäinen, ruskolatikka ja metsäaarnikaskas.