Melkuttimien luonto on tyypillistä jääkauden muovaamaa harjuselännettä. Alueen monimuotoisuutta lisäävät järvet ja pienet lammet, joiden vesi on vähäravinteista ja Etelä-Suomessa harvinaisen kirkasta. Lampien rannoilla ja harjupainanteissa on pieniä rämesoita. Linnuista kesäöiden surisija, kehrääjä, viihdyttää hämärissä liikkujaa omaperäisellä äänellään. Vaaleaa kesäyön taivasta vasten sen haukkamaisen silhuetin voi joskus onnistua näkemäänkin. Järvenselillä huutelevien kuikkien peliä on hienoa tarkkailla rannoilta.
Paisterinteiden aarteet
Harjumetsille tyypilliset paisterinteet, eli etelään avautuvat kuumat ja kuivat rinteet, ovat vaativia kasvupaikkoja. Paisterinteiltä pakkasilta suojaava lumi sulaa aikaisin keväällä, eikä lumikerros pääse kasvamaan paksuksi missään vaiheessa rinteen jyrkkyyden takia. Lisäksi humuskerros on yleensä ohut ja laikuittainen. Harjumetsiin onkin sopeutunut kasvamaan aivan omanlaisensa kasvilajisto. Idänkeulankärki ja kangasajuruoho ovat tyypillisiä paahteisten harjurinteiden kasveja. Perihämäläisen ja erittäin uhanalaisen hämeenkylmänkukan läntisin esiintymispaikka on Melkuttimien alueella. Paisterinteiden harvinaiset kasvilajit ovat myös monen uhanalaisen tai harvinaisen hyönteislajin ravintokasveja.
Kanta-Hämeen maakuntakukaksikin nimetty hämeenkylmänkukka työntää kukkavartensa maasta jo hyvin aikaisin keväällä, pian lumien sulamisen jälkeen. Jokaisen varren päässä on yksi iso sinipunainen tai sininen kukka. Kasvin varsi on pitkien ja tiheiden karvojen peittämä. Hämeenkylmänkukan kasvupaikat on suojeltu lailla, eikä kasvia saa missään tapauksessa poimia tai siirtää.
Paahdeympäristöjen säilyttäminen
Ulkoiset häiriötekijät, kuten tuuli ja tuli, ovat välttämättömiä paahdeympäristöjen säilymiselle. Umpeenkasvu onkin harjumetsien paahdeympäristöjen suurin uhka. Esimerkiksi metsäpalojen tehokas torjuminen ja aiemmin laajamittaisen metsälaidunnuksen loppuminen ovat aiheuttaneet puuston tihentymistä ja pohjakasvillisuuden umpeutumista. Myös lisääntynyt typpilaskeuma rehevöittää alun perin karuja harjumetsiä. Lisäksi Melkuttimien alue on ollut metsätalouskäytössä vielä 1990-luvun lopussa, joten luonnontilaisia metsiä siellä ei ole. Monimuotoisuuden lisäämiseksi alueen metsiin on lisätty luonnonmetsille tyypillistä lahopuuta kaatamalla ja kaulaamalla puita.
Sekä puuston että kenttäkerroksen kasvillisuuden umpeutuminen on heikentänyt oleellisesti myös hämeenkylmänkukan, idänkeulankärjen ja kangasajuruohon menestymismahdollisuuksia. Näiden kasvien kasvupaikkojen läheisyydessä on Melkuttimilla toteutettu pienimuotoista luonnonhoitoa kaatamalla yksittäisiä puita ja poistamalla sammalkerrosta.
Kosteat puronvarret
Iso-Melkuttimen laskupuron alkuosa mutkittelee luonnontilaisena. Puronvarsi on paikoitellen riittävän kostea vaateliaillekin kasvilajeille. Vaateliaiden kasvilajien joukossa on saroja, villoja ja sammallajeja. Mainitsemisen arvoisia Melkuttimilta tavattuja lajeja ovat suopunakämmekkä, sorjahukankorento ja virtavesimittari.