Vanhan metsän havinoita
Järvien lisäksi Mujejärven luonnonsuojelualueen luontoa hallitsevat vanhat metsät. Hiltuskankaan ja Kukonsärkän mäntymetsät ovat syntyneet luontaisesti voimakkaan metsäpalon jälkeen. Tulen merkit näkyvät palokoroina aihkimäntyjen kyljissä ja kaatuneiden puiden kannoissa. Komeita puuvanhuksia värittävät myös tuulessa liehuvat vaaleanvihreät naavatupot. Rehevät rinteet ja rantametsät ovat kuusikoita, joiden seassa kasvaa jokunen koivu ja kallioiden päällykset on mäntyjen valtaamia. Kesäisin polun varsi hehkuu monin paikoin kirkkaanvihreänä sammalpeitteenä ja siellä täällä kuuluu purojen solina.
Alueella on paikoin harjoitettu myös metsätaloutta. Tarina kertoo, että eräänä talvena Pölkkylammen jäälle varastoitiin suuri määrä uittopuita odottamaan kevään uittoa. Keväällä laskupuroon ei tullutkaan tarvittavaa tulvaa, joten uitto epäonnistui ja puut jäivät lampeen. Aikaa myöten vettyneet pölkyt painuivat pohjaan, jossa ne ovat vielä tänäkin päivänä.
Rotkot ja harjut
Syvä rotkolaakso ja komeat harjusärkät tekevät maaston korkeussuhteet vaihteleviksi. Alue kuuluu Karelidien vaara-alueeseen ja maasto on korkeimmillaan yli 200 metriä merenpinnan yläpuolella. Alueen länsiosan jylhä Uuronrotko on lähes neljän kilometrin pituinen, kapea ja paikoin jyrkkäseinäinen rotkolaakso, joka on syntynyt mahdollisesti kallioperälohkojen siirroksen seurauksena. Rotkon pohjalla on suo sekä pieniä lampia.
Myös viimeisin jääkausi muokkasi alueen maisemaa. Mannerjään sulamisvesivirtojen seurauksena alueelle on muodostunut luode-kaakko-suuntaisia harjuja. Rotkolaakson alaosa muuttuu itään päin mentäessä kapeaksi harjuksi, joka on runsaat kaksi kilometriä pitkä. Harjun päällä on useita suppia. Ne ovat maastossa olevia syvänteitä tai kuoppia, jotka ovat muodostuneet jääkaudella maahan hautautuneiden jäälohkareiden sulettua.
Harjun itäosa työntyy Mujejärveen Kalmoniemenä, josta avautuvat kauniit järvinäkymät. Mujejärven itäpuolella harjuista komeimpia on Kukonsärkkä. Kapea ja jyrkkärinteinen särkkä laajenee itäpäästään Hiltuskankaaksi, jossa on myös paljon suppia.
Arkoja metsän asukkeja
Mujejärven asumattomilla seuduilla liikuskelee joitakin karhuja, susia ja ahmoja. Näistä ainoastaan susi on laumaeläin. Kaikilla näillä suurpedoilla on laajat reviirit, joilla ne liikkuvat pääasiassa öisin. Arkoina ne välttelevät ihmisen kohtaamista viimeiseen asti. Suurpedot metsästävät muun muassa hirviä ja metsäpeuroja, joita myös tavataan Mujejärven luonnonsuojelualueella.