Pääjärven virkistysalueen luonto on alueen pienestä koosta huolimatta erittäin monipuolinen. Alue sijaitsee laajan Pernunnummen pohjoislaidassa, ja hallitseva metsätyyppi onkin mäntykangas. Kuitenkin reittien varrelta löytyy niin kuusikkoista korpea kuin nuorta koivikkoa.
Harjuselänteet leimaavat aluetta, ja reitit kiemurtelevat harjujen kylkiä ylös ja alas. Alueelta löytyy myös metsälampia ja pieniä suoalueita. Järvimaisemaa voi ihastella puiden välistä lähes koko matkan rannassa kiemurtelevilta reiteiltä.
Jääkauden jäänteitä
Jääkauden jäljet näkyvät edelleen myös Pääjärven alueella. Alueen harjut ovat syntyneet noin 10 000 vuotta sitten, kun sulamisvedet ja jäätikköjoet kasasivat hiekkaa jäänvaipan halkeamiin. Myös lukuisat suuret siirtolohkarekivet ja suppakuopat muistuttavat meitä menneistä ajoista. Koko laaja kolmannelle Salpausselälle sijoittuva Pernunnummen alue on jääkauden aikaisten jokien valtava suisto.
Metsän ja vesistöjen asukkeja
Alueella pesii useita vesilintuja, kuten telkkä ja kaakkuri sekä kurki Poikamonlahdella. Metsissä käy tauoton sirkutus ja viserrys, myös tikkojen nakutus on takuuvarma luontoääni.
Metsien komeat sarvipäät, hirvet ja peurat ovat ympäröivillä harvaanasutuilla alueilla runsaslukuisia ja kulkevat omia polkujansa alueen laitamilla.
Arka yökyöpeli
Hiljaa liikkuva onnekas retkeilijä voi onnistua tapaamaan myös erittäin salaperäisen ja uhanalaisen isosilmäisen puusta toiseen liitävän liito-oravan. Kynnysniemen alueella elää liito-oravayhdyskuntia.
Liito-orava liikkuu pesäkolonsa ulkopuolella pääasiallisesti vain öisin, mutta paritteluaikana ja poikasia imettäessä ne näyttäytyvät myös päivisin. Havainnointia vaikeuttaa myös eläimen lähes äänetön liikkuminen.
Liito-orava on uhanalainen, ja kanta vähenee koko ajan. Suurimpana syynä tähän pidetään suotuisien elinympäristöjen, eli vanhojen sekametsien vähenemistä metsänhakkuiden takia.