Siikalahti on ollut lintujärvi vasta vähän aikaa. Siikalahden lintuparatiisi syntyi kahden Simpelejärven vedenpinnan laskun seurauksena. Vuosina 1830 - 1833 ja 1939 - 1943 vedenpintaa laskettiin yhteensä noin 3 metriä. Entistä järvenpohjaa vallattiin viljelymaaksi 56 km². Avovettä on nyt noin 100 ha, mutta 1940-luvulla Siikalahden avovesiala oli nelinkertainen nykyiseen verrattuna. Matalikolle alkoi kerääntyä kosteikkolintuja, kuten esimerkiksi kaulushaikara. Kosteikon kuivattamista suunniteltiin vielä 1970-luvulla. Vuonna 1982 Siikalahti merkittiin valtakunnalliseen lintuvesien suojeluohjelmaan ja alue hankittiin valtiolle 1980-luvun puolivälissä.
Siikalahden umpeenkasvu
Matala, rehevä lahti kasvaa luonnostaan umpeen. Umpeenkasvu johtuu lahden mataluudesta, Simpelejärven vedenpinnan laskuista, 1960- ja 1970-luvuilla lahteen lasketuista jätevesistä sekä pelloilta valuvista ravinteista. Myös lahden eteläpohjukan ja länsirannan ojitukset 1980-luvun puolivälissä huononsivat pysyvästi kosteikkolintujen elinoloja. Lintujärven kunnostaminen alkoi 1980-luvun lopulla, kun lahden eteläosan ympärille rakennettiin penkere ja pato. Padon kokoojaojista pumpataan valumavesiä lahden puolelle. Patopenkereen ansiosta Siikalahden eteläosan vedenpinnantaso on noin 40 cm Simpelejärveä korkeammalla.
Tietty umpeenkasvuvaihe on kosteikkolinnuille ihanteellinen elinympäristö, joten lahden hoito vaatii koko ajan toimenpiteitä. Siikalahti Life -projektin 2001 - 2003 aikana Siikalahdella raivattiin pajukoituneita rantaluhtia yli 62 ha ja avovettä lisättiin poistamalla kasvillisuutta mosaiikkimaisesti 47 ha:n alalta.
Siikalahden seurannat
Lintukantojen seurannalla on pitkät perinteet Siikalahdella. Linnustoa on seurattu jo 1940-luvun lopulta lähtien. Lähes vuosittaiset vertailukelpoiset laskentasarjat ovat 1960-luvun lopulta, mikä on Suomen ennätys sarjassaan. Siikalahdella on lisäksi tutkittu ojitusten ja rantajärjestelyjen sekä erilaisten hoitotoimien vaikutusta linnustoon.
Seurannan aikana Siikalahdelle on pesiytynyt parikymmentä uutta lajia, kun hävinneitä on vain muutama. Syitä muutoksiin ovat avovesien umpeenkasvu, luhtien laajentuminen ja pensoittuminen sekä lajien kokonaiskantojen muutokset koko Etelä-Suomessa. Lisäksi Siikalahdella seurataan muutoksia kasvillisuuden ja veden laadussa.